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广西农业职业技术学院设置有生物技术系、园艺工程系、动物科学技术系、商贸管理系、电子信息工程系、食品与机电工程系、外语系、公共基础部、社会科学教学研究部、继续教育部等10个教学部门。
广西农业职业技术学院专业设置有生物技术及应用、园艺、城市园林、种子生产与经营、畜牧兽医、动物医学、食品加工技术、机电一体化技术、工商企业管理、计算网络技术、应用越南语等35个专业（含方向），形成了以农类为主，工、商、经、管、文等多学科多专业协调发展的专业布局。其中畜牧兽医、种子生产与经营、食品加工技术、电子商务、工商企业管理等5个专业被广西教育厅认定为广西高等学校优质专业。
学院积极开展国际交流与合作，与东南亚各国建立起"东南亚农业职教交流网络"。先后派出20多名专业教师到日本、美国、冈比亚、泰国、澳大利亚等国进行留学、考察研修或技术指导，邀请外国专家到校讲学、交流。1992年开始与越南农业部以及农业科研院所、大中专院校发展友好关系，承担国家农业部"农业科技教育走出去"战略项目，先后为越南培训农业技术人员37期715人次；与老挝农林部签订了《关于农业合作的协议》，并在老挝获得了60公顷土地的20年无偿开发权，开始建设中国果蔬新品种试种基地；在印度尼西亚的北苏拉威西省TOMOHON市协助LOKON中学兴建一所大专层次的农业职业院校。
