安徽医科大学的前身是1926年5月由郭琦元、汤蠡舟等在原亚东医大的校址上（上海市沪军营）创办的私立东南医科大学。当年9月10日开学。推郭琦元为校长，缪征中为教务长，汤蠡舟为医务长兼附属医院院长。
1927年秋，校董会修订章程，改办大学五年制，专科即停止招生。
1928年春，杭州广济、苏州医大和广州中法3所医学院先后改组或停办，大批失学学生流入东南医大。1930年春，学校改称东南医学院，并于1931年奉国民政府教育部训令核准立案。1931年春，时值上海南洋医学院停办，转学来校者二百余，统计学生数达五百以上。院本部迁至上海真如镇，原校址改作附属医院。
1933年和1934年学校校庆时，时任中央研究院院长蔡元培均前往祝贺，并分别为东南医学院师生题词“好学力行”和“造就良医”，当下传为佳话。
1937年淞沪会战爆发，日军入侵，校舍尽毁，师生员工挤往在沦陷后的租界——上海萨坡赛路299号院内。 上海东南医学院院长郭琦元因担任中国红十字会救护总署负责人随军南下，学校濒于解体。在此关键时刻，众推眼科专家张锡祺教授出任院长，聘请病理学专家叶曙任教务长，他们依靠部分教授及上海、青岛等地校友，筹集资金，重建校舍，张锡祺还以自办的上海光华眼科医院营业收入贴补办学经费，使学校在条件十分艰难的情况下，得以续办。抗战胜利后，学校迁至上海南市制造局路。
1949年上海解放后，东南医学院响应中共中央华东局发出的“面向农村、面向内地”的号召，在汤蠡舟院长的率领下，于当年12月底整体内迁安徽怀远县西门岗，以原美国教会办的淮西中学、培德女子学校、民望医院、民康医院及省立中学等处房舍为校址，占地300多亩，成为安徽省第一所高等医科院校。
1951年6月22日，华东军政委员会卫生部批准将学校由私立改为国立，委托皖北行署正式接管，学校直属中央卫生部领导。8月27日，东南医学院附属医院从皖北怀远迁至合肥市前大街（现长江路）。 安徽医学院
1952年，学校全部迁建合肥。当年10月，经安徽人民政府批准，东南医学院改名为安徽医学院。
1956年，经卫生部、教育部批准，学校开始招收研究生。
1968年，由于“文革”的影响，学校迁到凤台县农村，停止招生4年，第一附院停办，第二附院被部队占用，附院皖西分院也被国防工办接管，大批教职医护员工下放，人员流散，校舍、设备损失严重。
1970年春，学校迁回合肥。经省革命委员会决定，蚌埠医学院、安徽中医学院、芜湖医专撤并到安徽医学院，称“安徽医学院总校”，下设蚌埠、芜湖两分校，开始招收工农兵学员，学制三年。
1973年，省委、省革命委员会决定取消“安徽医学院总校”建制，恢复蚌埠医学院，筹建皖南医学院。
1975年，学校新建卫生系，设卫生专业；同年，部队归还第二附院。
1976年，省委、省革命委员会决定恢复安徽中医学院，中医、药学两个系连同第二附院划给中医学院，安医只保留医疗、卫生两个系，1所附院。
1978年，安徽医学院被定为省属重点大学。
1985年12月，根据安徽省医学教育事业的布局，省委省政府批准安徽医学院改名为安徽医科大学。
1990年，经国务院学位委员会批准为博士学位授权单位，成为第一个具有博士学位授予权的省属高校。
1996年6月，经国家教委批准，更名为安徽医科大学。
1998年，经教育部批准，可以招生港澳台研究生。
2003年10月，成立研究生学院（前身是1997年3月成立的研究生部）。
2010年，入选国家“特色重点学科项目”建设高校。
2011年底，入选国家建设高水平大学公派研究生项目。
2012年，入选国家“中西部高校基础能力建设工程”（一期）。
2012年11月，入选教育部卫生部第一批“卓越医生教育培养计划”试点高校。
2013年1月，入选国家级大学生创新创业训练计划实施高校。5月，入选第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。
2014年，入选安徽省第一批地方特色高水平大学。
2017年1月，经省编办批准，安徽省转化医学研究院正式落户学校，这是全省首个转化医学科学领域实体性研究机构。
2019年7月，国家卫生健康委员会下达首批委省共建重点实验室立项建设任务，由安徽医科大学第一附属医院生殖医学团队牵头的配子及生殖道异常研究实验室获批，系全省首个国家卫生健康委重点实验室。12月，发起成立长三角医学教育联盟。
安徽医科大学--安徽医学院
程毅川：1978.2-1983.9；许建平：1983.10-1985.3；徐叔云：1985.4-1985.12；徐叔云：1985.12-1997.9任安徽医学院院长；夏英庭：1997.9-2001.12；张学军：2003.6-2014.3；曹云霞：2014.3--现今任安徽医科大学历任校长。
